co to jest PCR

zapytaj kto ma w Twojej okolicy

PCR weterynaryjny

W diagnostyce PCR weterynaryjny coraz bardziej zyskuje na popularności. Reakcja PCR (polymerase chain reaction) łańcuchowa reakcja polimerazy polega na powielaniu dowolnego fragmentu DNA o długości od kilku do kilku tysięcy nukleotydów. Metoda ta została opracowana w latach osiemdziesiątych przez Kary’ego Mullisa i współpracowników za co otrzymał Nagrodę Nobla.

Reakcja PCR polega na przeprowadzeniu wielu cyklicznych reakcji syntezy nici DNA w warunkach laboratoryjnych. Replikacja DNA zachodzi w urządzeniu, w którym steruje się temperaturą- tzw. termocyklerze. Próbki są naprzemiennie ogrzewane i oziębiane. Zakres zmian temperatury jest wprowadzany do termocyklera w specjalnym programie, który dostosowuje się do długości odcinka DNA, długości starterów oraz optymalnej temperatury enzymów. W zależności od temperatury mają miejsce określone reakcje chemiczne  i doprowadzają do powielenia określonego fragmentu DNA.

 

PCR weterynaryjny

Przykładowy przebieg reakcji

PCR weterynaryjny przebieg reakcji

  1. W temperaturze ok. 95°C następuje denaturacja podwójnej nici DNA. Pękają wiązania wodorowe i następuje rozdzielenie podwójnej helisy DNA na pojedyncze łańcuchy. Etap ten trwa ok. 5 minut.
  2. Obniżenie temperatury do ok. 60°C powoduje hybrydyzacje odcinków starterowych do pojedynczego łańcucha DNA. Temperatura zależy od specyfikacji starterów. Czas ok. 1 minuty.
  3. Podwyższenie temperatury do ok. 72°C. Na tym etapie zachodzi właściwa synteza DNA. Zwiększona temperatura powoduje przyłączenie się polimerazy DNA. Powstały kompleks rozpoczyna syntezę nici komplementarnej do matrycy. Proces trwa ok. 1 minuty. Po zakończeniu pierwszego cyklu,  następuje powtórzenie reakcji: denaturacja, przyłączanie starterów i synteza nici komplementarnej. Zazwyczaj program składa się z 35 cykli.
  4. Po ostatnim cyklu, w temperaturze 72°C przez 5 minut następuje końcowe wydłużanie.

Gdyby wydajność reakcji była stuprocentowa po n cyklach reakcji z jednej cząsteczki można by uzyskać 2n  cząsteczek. W praktyce wydajność jest mniejsza, ale i tak pozwala na geometryczne zwiększenie badanego łańcucha DNA.

 

Zalety metody PCR

  • Nie wymaga znajomości sekwencji badanego genu, wystarczy znajomość nukleotydów oskrzydlających badany gen.
  • Startery nie muszą być komplementarne w 100% do matrycy, pozwala to na amplifikację tego samego genu z niewielkimi zmianami.
  • Jest metodą specyficzną- starter powoduje powielanie określonego fragmentu.
  • Bardzo czuła- pozwala na wykrycie pojedynczej cząsteczki DNA.

Modyfikacje reakcji PCR

  • RT-PCR- jako matrycę stosuje się mRNA. Synteza DNA odbywa się na zasadzie odwróconej transkryptazy.
  • real time PCR- do środowiska reakcji wprowadza się znakowane nukleotydy, które są widoczne dzięki zjawisku fluorescencji. Dzięki temu można na bieżąco obserwować wyniki reakcji. Pozwala na wykrywanie fragmentów DNA pochodzenia wirusowego, bakteryjnego i grzybów.  Ta modyfikacja stała się niezwykle popularna.
  • nested PCR- stosowany gdy dysponuje się niewielką ilością DNA.
  • PCR-RFLP- wykorzystywane są enzymy restrykcyjne w celu identyfikacji mutacji w obrębie powielanego fragmentu.
  • QF-PCR- jako markerów używa się krótkich powtórzeń tandemowych.
  • PCR emulsyjny, RACE PCR, RG-PCR, ACRS-PCR, ARMS-PCR, ASA-PCR, PCR-ASO, PCR-HD, PCR-SSCP, PCR-DGGE, PCR-TGGE.

Wykorzystanie PCR

PCR weterynaryjny zyskuje coraz większą popularność. Znajduje zastosowanie w szeroko pojętej diagnostyce i monitorowaniu zakażeń wirusowych jak i bakteryjnych. Pozwala wykryć popularne choroby oraz rzadko występujące. Pomocny jest także w wykrywaniu choroby nowotworowej oraz w późniejszym monitorowanie jej przebiegu.

Weterynaryjne zestawy testowe

Dostępne są następujące zestawy testowe:

Acholeplasma laidlawii Acute bee paralysis virus Aeromonas hydrophila Aeromonas salmonicida
African Horse Sickness Virus African Trypanosomiasis Agapornis species Aleutian Disease Virus
All Encephalitozoon species All pathogenic Salmonella species Anaplasma centrale Anaplasma marginale
Anaplasma phagocytophilum Ancylostoma duodenale Aspergillus Aspergillus fumigatus
Aspiculuris tetraptera Atlantic salmon paramyxovirus Avian adenovirus EDS76 Egg Drop Syndrome Avian Bornavirus
Avian Infectious Bronchitis Virus (IBV) Avian Influenza A Virus Subtype H5 Avian Influenza A Virus Subtype H6 Avian Influenza A Virus Subtype H7
Avian Influenza A Virus Subtype H9 Avian orthoreovirus Babesia bigemina Babesia bovis
Babesia caballi Babesia canis Babesia divergens Babesia gibsoni
Bacillus anthracis Bartonella henselae Batrachochytrium dendrobatidis Beak and Feather Disease Virus
Betanodavirus Bird flu Blastocystis genus (all species) Bluetongue Virus
Bluetongue Virus 1 Bluetongue Virus 8 Border Disease Virus Bovine adenovirus 3
Bovine adenovirus 5,6 and 8 Bordetella Bronchiseptica and B. Parapertussis Bovine ephemeral fever virus Bovine herpesvirus 1
Bovine Leukemia Virus Bovine parainfluenza virus 3 Bovine Parvovirus Bovine Respiratory Corona Virus
Bovine Respiratory Synctial Virus Bovine Viral Diarrhoea Virus Brachyspira hyodysenteriae Brucella abortus
Brucella suis Budgerigar Fledgling Disease Virus Burkholderia mallei Burkholderia pseudomallei
Camelpox virus Campylobacter Coli Campylobacter coli and Campylobacter jejuni Campylobacter fetus
Campylobacter fetus subspecies venerialis Campylobacter Jejuni Candidatus Branchiomonas cysticola Candidatus Mycoplasma haemominutum
Candidatus Mycoplasma turicensis Canine adenovirus 1 Canine adenovirus 2 Canine coronavirus
Canine parainfluenza virus Capripoxvirus Carnivore protoparvovirus 1 Chicken anemia virus
Chlamydiaceae (all species) Chlamydophila abortus Chlamydophila felis Chlamydophila pneumoniae
Chlamydophila psittaci Classical swine fever virus Clostridium tetani Columbid Circovirus
Columbid herpesvirus Corynebacterium pseudotuberculosis Coxiella burnetii Crimean-Congo Haemorrhagic Fever Virus
Cryptococcus neoformans Cryptosporidium Cyclospora cayetanensis Cyprinid herpesvirus 3
Dirofilaria immitis Dobrava-Belgrade virus Duck Hepatitis B Virus Echinococcus granulosus
Ehrlichia canis Encephalitozoon cuniculi Encephalitozoon species Enterocytozoon bieneusi
Enterocytozoon hepatopenaei Enterohemorrhagic Escherichia coli Enteroinvasive Escherichia coli Enteropathogenic Escherichia coli
Enterotoxigenic Escherichia coli Epizootic haematopoietic necrosis virus Epizootic Hemorrhagic Disease Virus Equid Herpesvirus 1
Equid Herpesvirus 2 Equid Herpesvirus 3 Equid Herpesvirus 4 Equid Herpesvirus 5
Equine Arteritis Virus Equine infectious anemia virus Equine Rhinovirus type 1 Equine Rhinovirus type 2
Equine/Canine influenza (H3N8 & H7N7) Escherichia coli (all strains) Escherichia coli 0157:H7 Feline calicivirus
Feline coronavirus Feline Herpesvirus Feline Immunodeficiency Virus Feline Leukemia Virus
Flavobacterium psychrophilum Foot and Mouth Disease Virus Fowlpox Virus Francisella tularensis
Gallid herpesvirus 1 Gallid herpesvirus 2 Geosmithia argillacea Giardia intestinalis, Assemblage A-F
Grass Carp Reovirus H10N8 H5N8 Human Rotavirus A
Human Rotavirus B Human Rotavirus C Infectious Bursal Disease Virus Infectious Hematopoietic Necrosis Virus
Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus Infectious Pancreatic Necrosis Virus Infectious salmon anemia virus Infectious salmon anemia virus (avirulent)
Infectious salmon anemia virus (Canadian) Infectious salmon anemia virus (European) Infectious spleen and kidney necrosis virus Influenza A H7N9
Israeli Acute Paralysis Virus Klebsiella pneumoniae capsule type 1 Klebsiella pneumoniae capsule type 2 Klebsiella pneumoniae capsule type 3
Lawsonia intracellularis Leptospirosis Listeria monocytogenes Lymphocystivirus
Mammalian Babesiosis Marburgvirus Microsporum canis Microsporum gypseum
Minute virus of canines (Canine minute virus) Mycobacterium avium Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis Mycoplasma
Mycoplasma arginine Mycoplasma bovis Mycoplasma felis Mycoplasma gallisepticum
Mycoplasma haemofelis Mycoplasma hyopneumoniae Mycoplasma hyorhinis Mycoplasma iowae
Mycoplasma meleagridis Mycoplasma mycoides cluster Mycoplasma species haemofelis and haemocanis Mycoplasma suis
Mycoplasma synoviae Myobia musculi Myocoptes musculinus Neoparamoeba perurans
Neospora caninum Newcastle disease virus Nodavirus Ornithobacterium rhinotracheale
Paenibacillus larvae Paranucleospora theridion Parvicapsula pseudobranchicola Pasteurella multocida
Peste-des-petits-ruminants Virus Photobacterium damselae Photobacterium damselae subsp. piscicida Photobacterium phosphoreum
Pigeon adenovirus 1 Piscine reovirus Piscirickettsia salmonis Porcine circovirus 1
Porcine circovirus 2 Porcine epidemic diarrhoea virus Porcine parvovirus Porphyromonas gulae
Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus Rabbit haemorrhagic disease virus type 2 Rabies Virus Reston ebola virus
Rhodococcus equi Rift Valley Fever Virus Salmon gill poxvirus Salmonella enterica
Salmonid alphavirus SARS coronavirus Sheep Poxvirus Shewanella putrefaciens
shiga toxin (stx1) producing Escherichia coli shiga toxin (stx2A) producing Escherichia coli shiga toxin (stx2c) producing Escherichia coli shiga toxin (stx2f) producing Escherichia coli
Slow Bee Paralysis Virus Spironucleus muris Spring Viremia of Carp Virus Streptococcus agalactiae
Streptococcus equi subspecies equi Streptococcus equi subspecies zooepidemicus Streptococcus mitis Streptococcus oralis
Streptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes Streptococcus salivarius Streptococcus sanguinis
Strongylus vulgaris Sudan Ebola Virus Swinepox Syphacia muris
Syphacia obvelata Taï Forest Ebola Virus Taylorella equigenitalis Tellurite resistant Escherichia coli
Tenebrio molitor Theileria annulata Theileria equi (formally Babesia equi) Theileria mutans
Theileria parva Tilapia lake virus Toxigenic subspecies of Vaccinia virus Toxoplasma gondii
Transmissible gastroenteritis virus Trichophyton mentagrophytes Tritrichomonas foetus Trypanosoma equiperdum
Trypanosoma evansi Tilapia lake virus Transmissible Gastro Enteritis Virus Porcine Respiratory Coronavirus
Vesicular stomatitis virus Vesivirus2117 Veterinary Rotavirus B Veterinary Rotavirus C
Vibrio parahaemolyticus Viral Hemorrhagic Septicemia Virus Wesselsbron Virus White spot syndrome virus
Yersinia ruckeri Zaire ebola virus

Jeżeli nie znalazłeś tego czego szukasz skontaktuj się z nami.

 

 

zapytaj o produkt

inne produkty w tej kategorii

Aspekty samodzielnego wykonywania badań laboratoryjnych
Oznaczanie progesteronu w mleku